In seiner Mittelfristplanung bis zum Jahr 2008 habe der Bund lediglich 224 Millionen Euro für die Gesamtstrecke veranschlagt, jedoch benötigten allein die Arbeiten für die Fertigstellung des Katzenbergtunnels bei Bad Bellingen ein Budget von 500 Millionen Euro. Schon im März hatte der Regionalverband Mittlerer Oberrhein die Befürchtung, dass der Ausbau nicht fristgerecht stattfinden würde (ka-news berichtete). "Zwar hat Baden-Württemberg durch die Schaffung von zusätzlichen Planungskapazitäten beim Regierungspräsidium Freiburg eine Garantie gegeben für den zügigen Ablauf der Verfahren, allerdings sind keine weiteren finanziellen Mittel in Aussicht gestellt worden", erklärte Mappus.
Dadurch werde Deutschland die Vereinbarungen mit der Schweiz im Staatsvertrag von Lugano nicht einhalten können, so der Verkehrsminister. Diese sahen vor, dass die Rheintalstrecke der Verkehrsnachfrage entsprechend und auf die Baufortschritte in der Schweiz abgestimmt ausgebaut werden sollte. Daher war das Vorhaben, die Rheintalbahnstrecke bis zum Jahr 2012 von zwei auf vier Gleise zu erweitern, um die deutsche Bahn mit dem Schweizer Schienennetz zu verbinden.