Damit die Stadtbahnen den Fernverkehr nicht behindern, ist bei einigen Verbindungen ein Umstieg am Bahnhof Rastatt notwendig. Die Züge der Linie S41 Richtung Freudenstadt fahren zur ungeraden Stunde, beginnend um 9.11 Uhr ab Karlsruhe Hauptbahnhof Vorplatz, zehn Minuten früher ab. Daraus ergeben sich folgende Abfahrtszeiten: 9.01 Uhr, 11.01 Uhr, 13.01 Uhr und so weiter, bis 23.01 Uhr.
S41 nach Karlsruhe zehn Minuten später
Diese Verbindungen enden in Rastatt auf Gleis eins. Zur Weiterfahrt in Richtung Freudenstadt muss auf die bereitstehende Bahn auf Gleis fünf umgestiegen werden. Ab Rastatt verkehren die Bahnen wieder nach regulärem Fahrplan, sodass die Fahrgäste zehn Minuten Zeit zum Umsteigen haben. Die Züge zur geraden Stunde, beginnend um 10.11 Uhr ab Karlsruhe Hauptbahnhof Vorplatz verkehren durchgehend Richtung Freudenstadt nach regulärem Fahrplan.
Die Züge der Linie S41 Richtung Karlsruhe fahren zur geraden Stunde ab Rastatt, beginnend um 8.22 Uhr, zehn Minuten später ab. Daraus ergeben sich folgende Abfahrtszeiten: 8.32, 10.32 und so weiter, bis 18.32 Uhr. Betroffen sind auch die Fahrten um 21.32 und 23.32 Uhr.
Auch diese Fahrten sind unterbrochen, sodass in Rastatt von Gleis fünf auf die bereitstehende Bahn auf Gleis eins umgestiegen werden muss. Die Umsteigezeit beträgt auch hier zehn Minuten. Die Züge zur ungeraden Stunde, beginnend um 9.22 Uhr verkehren durchgehend Richtung Karlsruhe nach regulärem Fahrplan.