Hippler wurde 2002 Rektor der damaligen Universität Karlsruhe, die im Jahr 2006 zu einer der ersten von damals nur drei Exzellenzuniversitäten gekürt wurde. Am 1. Oktober 2009 übernahm Hippler gemeinsam mit Eberhard Umbach die Gründungspräsidentschaft des KIT. Im Mai 2012 wechselte Hippler vom KIT nach Bonn und war bis 2018 Präsident der Hochschulrektorenkonferenz.
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