Eidenmüller erhielt 1998 eine Spende in Höhe von damals 88.000 D-Mark von Manfred Schmider, dem FlowTex-Chef. Der Vorwurf, Karlsruhes Kulturbürgermeister habe sich dafür im gleichen Jahr für eine rund 153 Millionen Euro teure Müllverbrennungsanlage vom Typ Thermoselect der Firma FlowWaste, einer Tochterfirma von FlowTex, stark gemacht, wird jetzt aber nicht weiter verfolgt.
Eidenmüller hatte den Zusammenhang von Anfang an energisch bestritten. Im Zuge der Aufklärung des FlowTex-Betrugsfalls ermittelt die Staatsanwaltschaft auch gegen den FDP-Wirtschaftsminister Dr. Walter Döring.